Tuy nhiên dịch vụ này hiện có một số nhược điểm như: người dùng sẽ phải chủ động chọn việc có sử dụng mã hóa hay không cho mỗi phiên trò chuyện và các dịch vụ này sẽ bị giới hạn trong một thiết bị duy nhất. Bên cạnh đó người dùng cũng không thể gửi hình ảnh và video trong chế độ này.

Trong khi các dịch vụ nhắn tin khác như iMesseger, WhatsApp, Viber bật chế độ mã hóa end-to-end theo mặc định, có nghĩa là không có ai ngoài người gửi và người nhận xem được nội dung tin nhắn, thì Facebook và Google lại cung cấp một hình thức khác, đó là cho người dùng được tùy chọn việc có hay không sử dụng tính năng này.

Cả hai hãng công nghệ lớn này đều nhận ra rằng cần phải cung cấp một hình thức an toàn cho nhắn tin. Nhưng họ cũng không muốn đi ngược lại với chính sách kinh doanh của mình và trên hết là không muốn chịu áp lực quá nhiều từ chính phủ Mỹ, những người luôn muốn thu thập càng nhiều dữ liệu càng tốt dù là bằng bất cứ hình thức hay phương tiện nào.

Như vậy, sắp tới cả Messeger của Facebook và ứng dụng Allo sắp ra mắt của Google đều sẽ cung cấp việc tùy chọn nhắn tin an toàn, nó sẽ không phải là một tính năng mặc định và người dùng sẽ phải chủ động trong việc có sử dụng tính năng này hay không. Trước mắt Facebook hạn chế một số tính năng khi sử dụng tùy chọn này. 

Theo đánh giá của các chuyên gia, quyết định này của Facebook nhằm tránh việc người dùng có nhu cầu bảo mật tin nhắn sử dụng các sản phẩm khác cạnh tranh với mình và cũng không khiến những người dùng phiên bản cũ cảm thấy khó khăn trong việc chuyển đổi.

Bên cạnh đó, Facebook cũng đã công bố về công nghệ sử dụng trong cơ chế mã hóa này. Hãng đã sử dụng giao thức tín hiệu của Open Whisper Systems. Đây là công nghệ tiêu chuẩn được các ứng dụng nhắn tin WhatsApp, Allo và Signal sử dụng.

Tin nhắn sẽ được giữ bí mật, lưu trên thiết bị lưu trữ của người dùng và được đảm bảo rằng sẽ không thể lấy ra được dù là từ Facebook hay lệnh cung cấp dữ liệu của chính phủ. Đồng thời, nó sẽ có một cơ chế tự xóa tin nhắn với một giới hạn thời gian khác nhau do người dùng lựa chọn, từ 5 giây đến 24 giờ.

Tuy rằng tính năng mã hóa end-to-end chưa phải là một tính năng mặc định của Messeger nhưng nó vẫn là một bước tiến lớn với ứng dụng này. Người dùng hi vọng Facebook sẽ tiếp tục triển khai việc này để nó trở nên phổ biến hơn trong sản phẩm của mình. Dịch vụ này hiện đang được triển khai trong giai đoạn thử nghiệm cho một số ít người và sẽ chính thức ra mắt phiên bản đầy đủ vào cuối năm nay.