Học viện Kỹ thuật mật mã là một trong tám cơ sở đào tạo trọng điểm về ATTT trong Đề án đào tạo và phát triển nguồn nhân lực an toàn, an ninh thông tin đến năm 2020 của Chính phủ. Tới nay, Học viện đã có 15 năm kinh nghiệm đào tạo trình độ kỹ sư và 05 năm kinh nghiệm đào tạo trình độ thạc sĩ chuyên ngành An toàn thông tin.

Trước yêu cầu xây dựng và phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao, có chuyên môn sâu, đủ khả năng đối phó với nguy cơ và rủi ro mất an toàn thông tin trong bối cảnh hiện nay, từ năm 2018, Học viện đã xây dựng Đề án xin mở loại hình đào tạo trình độ Tiến sĩ ngành ATTT. Ngày 11/6/2019, Bộ GD&ĐT đã chính thức ban hành Quyết định số 1633/QĐ-BGDĐT cho phép Học viện Kỹ thuật mật mã được đào tạo trình độ Tiến sĩ ATTT.

Như vậy, Học viện Kỹ thuật mật mã trở thành cơ sở đào tạo đầu tiên trong cả nước được phép đào tạo trình độ Tiến sĩ ngành ATTT.

Các Tiến sĩ ngành An toàn thông tin sau khi đào tạo sẽ có khả năng nghiên cứu, sáng tạo tri thức mới, có phương pháp tiếp cận giải quyết các vấn đề khoa học chuyên ngành, có khả năng giảng dạy các bậc đại học và sau đại học, hướng dẫn nghiên cứu và lãnh đạo nhóm nghiên cứu thuộc lĩnh vực ATTT, nhằm cung cấp nguồn nhân lực có trình độ cao, chuyên môn sâu về an toàn thông tin cho các cơ sở đào tạo, các trung tâm nghiên cứu, các cơ quan, tổ chức.