Với vị trí và tầm quan trọng của việc giữ gìn thông tin bí mật phục vụ cho sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng, Nhà nước, chỉ huy của lực lượng vũ trang, với tính chất hoạt động đặc thù, gần 70 năm xây dựng và phát triển, Ngành Cơ yếu Việt Nam luôn được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo về mọi mặt của Đảng và Nhà nước. Đặc biệt, Bộ Chính trị, Ban Bí thư đã ban hành nhiều Chỉ thị, Nghị quyết để quản lý, chỉ đạo đối với ngành Cơ yếu phù hợp với từng giai đoạn lịch sử của cách mạng Việt Nam. Ngày 20/01/1958, Ban Bí thư đã ban hành Chế độ công tác của ngành Cơ yếu, khẳng định nguyên tắc tổ chức, cán bộ, công tác quản lý nghiên cứu, sử dụng kỹ thuật Mật mã, trong đó xác định: “Công tác Cơ yếu là một công tác kỹ thuật tuyệt đối bí mật...”. Do đó, công tác Cơ yếu phải được xây dựng đầy đủ trên ba mặt: tổ chức chặt chẽ, kỹ thuật chuyên môn tốt, chế độ công tác nghiêm minh; đồng thời phải tổ chức thành một Ngành công tác thống nhất, do Trung ương trực tiếp chỉ đạo.
Ngày 04/4/2001, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thông qua Pháp lệnh Cơ yếu nhằm từng bước thể chế hoá quan điểm, chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước về hoạt động Cơ yếu. Qua triển khai thực hiện, Pháp lệnh cơ yếu đã từng bước đi vào cuộc sống. Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, các quy chế, quy định, chế độ công tác về cơ yếu đã được ban hành. Chỉ thị 41-CT/TW ngày 01/07/2004 của Bộ Chính trị về việc tiếp tục đẩy mạnh phát triển công tác Cơ yếu phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước xác định rõ nguyên tắc tổ chức và sự quản lý trực tiếp, toàn diện của Đảng, nhà nước đối với ngành Cơ yếu và nhấn mạnh phải “...Thực hiện thống nhất quản lý nhà nước toàn bộ hoạt động về công tác Cơ yếu.”. Tiếp theo, Kết luận 89-KL/TW ngày 30/11/2010 của Bộ Chính trị về kết quả thực hiện Chỉ thị 41-CT/TW cũng xác định cần “Xây dựng và hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về Cơ yếu, thể chế hóa đầy đủ nội dung, tinh thần của chỉ thị 41 vào Dự án Luật Cơ yếu trình Quốc hội thông qua. Xác định Ban Cơ yếu Chính phủ là cơ quan mật mã quốc gia”.
Tuy nhiên, trước yêu cầu của thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa, hội nhập quốc tế, đặc biệt là trước sự phát triển mạnh mẽ của khoa học - công nghệ, nhất là công nghệ thông tin - truyền thông thì nhiệm vụ bảo đảm bí mật, an toàn thông tin trong lĩnh vực quốc phòng - an ninh và kinh tế - xã hội đã đặt ra những yêu cầu mới. Các thế lực thù địch tìm mọi cách tiến hành các hoạt động thu tin, mã thám, mua chuộc, cài cắm, móc nối để lấy cắp bí mật quốc gia của Việt Nam, phá hoại công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc khiến cho nguy cơ mất an toàn và lộ lọt thông tin bí mật quốc gia ngày càng cao. Bên cạnh đó, các hình thức, phương tiện lưu giữ, truyền tải thông tin và nhu cầu sử dụng thông tin ở các cơ quan Đảng và Nhà nước tăng lên không ngừng, yêu cầu phát triển công tác Cơ yếu trở nên cấp thiết và hoạt động cơ yếu cần phải được củng cố và kiện toàn một cách sâu rộng. Về khía cạnh luật pháp, một số quan điểm, đường lối, chính sách mới của Đảng về công tác Cơ yếu vẫn chưa được thể chế hóa đầy đủ, đồng bộ với hệ thống pháp luật hiện hành. Pháp lệnh Cơ yếu và một số văn bản quy phạm pháp luật về Cơ yếu còn bộc lộ một số bất cập trong giai đoạn hiện nay. Một số văn bản luật như: Luật Công an, Luật An ninh Quốc gia, Pháp lệnh Tình báo, Luật Giao dịch điện tử, Luật Công nghệ thông tin... có một số quy định liên quan đến hoạt động mật mã nhưng chưa thực sự đầy đủ và cụ thể. Trên thực tế việc tổ chức thực hiện các nội dung liên quan đến hoạt động Mật mã đã được đề cập trong các văn bản này cũng có nhiều hạn chế.
Trong bối cảnh đó, việc ra đời Luật Cơ yếu là một yêu cầu khách quan và cần thiết nhằm hoàn thiện pháp luật về Cơ yếu; nâng cao hiệu quả quản lý, tổ chức, triển khai, sử dụng Cơ yếu, đảm bảo quốc phòng - an ninh, phục vụ phát triển kinh tế - xã hội và yêu cầu phát triển công tác Cơ yếu phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Luật Cơ yếu đã tiếp tục khẳng định hoạt động Cơ yếu là hoạt động cơ mật đặc biệt, thuộc lĩnh vực an ninh quốc gia, đặt dưới sự lãnh đạo tuyệt đối, trực tiếp về mọi mặt của Đảng Cộng sản Việt Nam, sự quản lý thống nhất của Nhà nước; Cơ yếu Việt Nam được tổ chức thống nhất, chặt chẽ về mọi mặt, có chế độ công tác nghiêm ngặt. Đây sẽ là cơ sở pháp lý quan trọng để xây dựng và phát triển ngành Cơ yếu chính quy, hiện đại, vững mạnh về mọi mặt, đủ sức hoàn thành những nhiệm vụ mới do Đảng và Nhà nước giao.
Bên cạnh đó, các quy định trong Luật Cơ yếu đã phát huy thành tựu gần 70 năm xây dựng và phát triển ngành Cơ yếu Việt Nam. Các nội dung của Luật được xây dựng trên cơ sở tổng kết việc thực hiện các văn bản của Đảng và Nhà nước đã ban hành, tổng kết thực tiễn hoạt động, xây dựng tổ chức Cơ yếu trong thời gian qua và phải bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ của hệ thống pháp luật hiện hành, đồng thời thể hiện rõ tính đặc thù về tổ chức và hoạt động của Cơ yếu; tiếp thu có chọn lọc kinh nghiệm lập pháp của các nước trong khu vực và trên thế giới.
Với 5 chương và 38 điều, Luật cơ yếu là một đạo luật chuyên ngành, thuộc lĩnh vực an ninh quốc gia, được xây dựng trên cơ sở kế thừa những quy định của pháp luật về Cơ yếu hiện hành và những vấn đề thực tiễn đặt ra. Luật quy định về hoạt động Cơ yếu; nhiệm vụ, quyền hạn, nguyên tắc tổ chức và hoạt động của lực lượng Cơ yếu; chế độ, chính sách đối với người làm việc trong tổ chức cơ yếu; quyền, nghĩa vụ, trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến hoạt động Cơ yếu.
Về trách nhiệm quản lý nhà nước về Cơ yếu, Luật Cơ yếu quy định Chính phủ thống nhất quản lý Nhà nước về Cơ yếu; Bộ trưởng Bộ Quốc phòng trực tiếp chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện thống nhất quản lý nhà nước về cơ yếu; trực tiếp chỉ đạo hoạt động của Ban Cơ yếu Chính phủ; Luật Cơ yếu xác định rõ Ban Cơ yếu Chính phủ là Cơ quan Mật mã quốc gia, cơ quan quản lý chuyên ngành về Cơ yếu đối với các hệ thống tổ chức Cơ yếu Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngoại giao, tổ chức Cơ yếu trong cơ quan Đảng, Nhà nước ở Trung ương và địa phương, có trách nhiệm giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về Cơ yếu.
Quy định như vậy vừa bảo đảm tính thống nhất trong quản lý Nhà nước về Cơ yếu; đồng thời Ban Cơ yếu Chính phủ vẫn được bảo đảm sự độc lập cần thiết về tổ chức, cán bộ, kinh phí và hoạt động để thực hiện nhiệm vụ quản lý chuyên ngành đặc thù, chế độ công tác nghiêm ngặt, thống nhất, chặt chẽ.
Về vị trí, chức năng, nhiệm vụ và tổ chức của lực lượng Cơ yếu, Luật Cơ yếu đã xác định lực lượng Cơ yếu là một trong những lực lượng chuyên trách bảo vệ bí mật Nhà nước. Lực lượng Cơ yếu có chức năng tham mưu cho Đảng, Nhà nước về công tác Cơ yếu và thực hiện hoạt động Cơ yếu; góp phần bảo đảm tuyệt đối bí mật, an toàn, chính xác, kịp thời thông tin phục vụ sự lãnh đạo của Đảng, quản lý của Nhà nước, chỉ đạo, chỉ huy của lực lượng vũ trang nhân dân trong mọi tình huống; chủ động phòng ngừa, tham gia đấu tranh với các hoạt động thám mã gây phương hại đến an ninh quốc gia, lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân.
Do tính chất đặc thù của hoạt động Cơ yếu, Luật Cơ yếu khẳng định vai trò quản lý chuyên ngành về Cơ yếu và quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Cơ yếu Chính phủ: Tham mưu đề xuất và tổ chức thực hiện nhiệm vụ quản lý, triển khai, kiểm tra, thanh tra các họat động Cơ yếu trong phạm vi cả nước; tổ chức nghiên cứu và thống nhất quản lý nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ mật mã để bảo vệ thông tin bộ máy nhà nước, là đơn vị đầu mối kế hoạch đầu tư và ngân sách trực thuộc Trung ương, thống nhất quản lý và bảo đảm chuyên môn nghiệp vụ, kỹ thuật Mật mã cho họat động cơ yếu trong phạm vi cả nước, hợp tác quốc tế về Cơ yếu...
Tổ chức của lực lượng Cơ yếu gồm Ban Cơ yếu Chính phủ và Cơ yếu các Bộ, ngành (hệ thống tổ chức Cơ yếu Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngoại giao) và hệ thống tổ chức Cơ yếu trong cơ quan của Đảng, cơ quan khác của Nhà nước ở Trung ương và địa phương.
Theo quy định, tổ chức Cơ yếu thuộc các bộ, ngành là đầu mối độc lập đặt dưới sự lãnh đạo của cơ quan có thẩm quyền của Đảng Cộng sản Việt Nam, sự chỉ đạo của người đứng đầu cơ quan, tổ chức sử dụng Cơ yếu và sự quản lý về hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ của tổ chức Cơ yếu cấp trên.
Về người làm việc trong tổ chức Cơ yếu và chế độ chính sách đối với người làm việc trong tổ chức Cơ yếu, Luật Cơ yếu quy định rõ: Người làm việc trong tổ chức Cơ yếu bao gồm người làm công tác Cơ yếu, Người được tuyển chọn để đào tạo, bồi dưỡng, huấn luyện chuyên môn, nghiệp vụ Cơ yếu và người làm công tác khác trong tổ chức Cơ yếu. Để phù hợp với tính chất đặc thù về tổ chức và tính chất công việc, đảm bảo thực hiện chế độ công tác nghiêm ngặt, thống nhất, chặt chẽ Luật Cơ yếu quy định về nghĩa vụ, trách nhiệm, tiêu chuẩn với từng đối tượng trong tổ chức Cơ yếu; Đồng thời người làm việc trong tổ chức cơ yếu được hưởng các chế độ, chính sách như lực lượng vũ trang (như Quân đội nhân dân), các chế độ, chính sách đặc thù của ngành Cơ yếu và chế độ phụ cấp trách nhiệm bảo vệ cơ mật Mật mã.
Để triển khai Luật Cơ yếu một cách đầy đủ, toàn diện, từng bước đưa Luật đi vào cuộc sống, ngày 29/ 8/2012, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 1156/QĐ-TTg về Kế hoạch thực hiện Luật Cơ yếunhằm xác định trách nhiệm và phân công nhiệm vụ cụ thể cho các Bộ, ngành, địa phương có liên quan đến hoạt động Cơ yếu, đảm bảo cho việc triển khai thực hiện Luật Cơ yếu đồng bộ, đạt hiệu quả thiết thực.
Tiếp theo đó, ngày 30/11/2012, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đã ban hành Kế hoạch số 3787/KH-BQP hướng dẫn thống nhất các biện pháp triển khai thực hiện Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Nội dung chính trong Kế hoạch của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng nêu rõ: Cần tổ chức tuyên truyền, phổ biến, tập huấn, bồi dưỡng về Luật Cơ yếu và các văn bản có liên quan; nâng cao trách nhiệm, thống nhất nhận thức cho đội ngũ lãnh đạo các cấp, người làm việc trong tổ chức Cơ yếu, các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan; khẩn trương xây dựng các Nghị định của Chính phủ, Thông tư liên tịch, Thông tư của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành Luật Cơ yếu và từng bước đưa môn học quản lý Nhà nước về công tác Cơ yếu vào chương trình của các trường đào tạo bộ quản lý.
Để Luật Cơ yếu thực sự phát huy hiệu lực, hiệu quả trong thực tiễn, việc nghiên cứu, tuyên truyền, phổ biến, quán triệt và thực hiện Kế hoạch triển khai Luật Cơ yếu của Thủ tướng chính phủ và kế hoạch triển khai cụ thể của Bộ Trưởng Bộ Quốc phòng là nghĩa vụ, trách nhiệm của các ngành, các cấp có liên quan; đặc biệt là vai trò tham mưu đề xuất của cán bộ, nhân viên Cơ yếu ở các cơ quan, đơn vị. Thực hiện tốt vấn đề đó là góp phần xây dựng ngành Cơ yếu Việt Nam phát triển vững mạnh trong giai đoạn mới.