Vào đầu năm 2016, Facebook tự hào tuyên bố bổ sung tính năng mã hóa đầu - cuối cho các dịch vụ nhắn tin của họ, bao gồm cả WhatsApp, nhằm giúp người dùng an tâm hơn về khả năng bảo mật các cuộc trò chuyện cá nhân. Theo quảng cáo về tính năng mới, ngay cả WhatsApp cũng không thể đọc hay truy nhập vào các thông điệp/tin nhắn bằng chữ, hình ảnh hay video của người dùng. Và khi người dùng muốn, các cuộc trò chuyện của họ sẽ bị xóa bỏ hoàn toàn và không còn lưu trữ trên bất kỳ máy chủ nào.

Tuy nhiên, Jonathan Zdziarski, một chuyên gia pháp lý và bảo mật số, khẳng định WhatsApp không thực sự xóa bỏ các thông điệp của người dùng.

Chuyên gia Zdziarski cho biết, ông đã dùng tài khoản WhatsApp của mình để trò chuyện trên một chiếc điện thoại iPhone. Sau một cuộc nói chuyện, ông đã xóa bỏ và lưu giữ lại một phần của các cuộc trò chuyện trước khi chọn tính năng "Xóa mọi cuộc trò chuyện" trên ứng dụng. Nhưng, ông Zdziarski phát hiện, những bản ghi đã bị xóa không thực sự được xóa bỏ, do các thông điệp vẫn còn xuất hiện trong SQLite, một hệ thống quản lý cơ sở dữ liệu liên quan.

Theo ông Zdziarski, cơ sở dữ liệu của cuộc trò chuyện được sao chép lại mỗi khi người dùng iPhone tiến hành sao lưu nó vào máy và iCloud. Ông nêu rõ, việc này xảy ra bất kể người sử dụng có dùng tính năng đồng bộ hóa iCloud tích hợp sẵn của WhatsApp hay không.

Ông Zdziarski cho biết, những thông tin lưu lại trong SQLite tiềm ẩn một số rủi ro. Nếu ai đó truy nhập được vào smartphone, họ có thể hack nó và sao chép các thông tin ẩn chứa trong đó. Điều này rất nguy hiểm nếu tin tặc định sử dụng các thông tin đánh cắp được vào mục đích xấu.

Theo ông Zdziarski, cách duy nhất để xóa toàn bộ các thông điệp/tin nhắn WhatsApp hiện nay là gỡ bỏ hoàn toàn ứng dụng. Nếu không muốn làm điều này, người dùng có thể giảm thiểu rủi ro bằng cách: dùng iTunes để thiết lập một mật mã sao lưu phức tạp, dùng phần mềm Configurator để khóa máy hoặc thậm chí vô hiệu hóa sao lưu iCloud.