Trong Chỉ thị nêu rõ trách nhiệm của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong việc bảo đảm các điều kiện triển khai hệ thống thư điện tử và tăng cường sử dụng hệ thống thư điện tử trong hoạt động của cơ quan nhà nước các cấp; thực hiện công tác kiểm tra, đánh giá, báo cáo tình hình sử dụng hệ thống thư điện tử của cơ quan nhà nước các cấp.
Chỉ thị cũng quy định rõ trách nhiệm của Lãnh đạo cơ quan nhà nước các cấp và cán bộ, công chức, viên chức trong việc triển khai hệ thống thư điện tử.
Ngoài  trách nhiệm hướng dẫn, theo dõi triển khai và tổng kết đánh giá của Bộ Thông tin và truyền thông, Bộ Nội vụ có trách nhiệm phối hợp với Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Công an phát triển kế hoạch ứng dụng hạ tầng khóa công khai (PKI), chữ ký số để bảo đảm bảo mật, xác thực thông tin trong việc sử dụng hệ thống thư điện tử của các cơ quan nhà nước